Postanowieniem z dnia 24 czerwca 2011 r. małopolska RDOŚ negatywnie uzgodniła planowaną hydroelektrownię na Dunajcu w Harklowej. Przyczyną odmowy uzgodnienia było przede wszystkim stwierdzenie jej znaczącego negatywnego oddziaływania na obszar Natura 2000 Górny Dunajec PLH120086. Zdaniem RDOŚ będzie ono polegało na pogorszeniu stanu ekologicznego górnego Dunajca poprzez upośledzenie jego funkcji jako korytarza ekologicznego dla ryb reofilnych, zniszczeniu ich siedlisk, istotnych zmianach warunków hydromorfologicznych oraz zmniejszeniu zdolności samooczyszczania się rzeki. Ponadto RDOŚ zauważyła, że w raporcie przygotowanym dla planowanej inwestycji zamieszczona analiza wariantowa nie wykluczyła istnienia innych rozwiązań alternatywnych, a zaproponowane środki łagodzące oddziaływanie przedsięwzięcia na ichtiofaunę, w tym chronione w obszarze Natura 2000, nie zapewnią minimalizacji przewidywanych oddziaływań do poziomu nieistotnego z punku widzenia celów jego ochrony. Zaproponowany wariant polegający na zaniechaniu inwestycji jest wg RDOŚ najkorzystniejszy z punktu widzenia ochrony gatunków chronionych w obszarze Natura 2000 Górny Dunajec PLH120086.
Zdaniem TnZ wydane przez RDOŚ czerwcowe postanowienie miało charakter wiążący dla Wójta Gminy Nowy Targ, który nie miał prawa wydać pozytywnej decyzji środowiskowej, a także w sposób odmienny określić w niej warunków realizacji przedsięwzięcia. W przeciwieństwie do Wójta, RDOŚ w Krakowie dokonał weryfikacji formalnej i jakościowej raportu oddziaływania na środowisko. Natomiast kwestionując – wbrew obowiązującym przepisom – postanowienie RDOŚ w Krakowie Wójt oparł się wyłącznie na twierdzeniach zawartych w raporcie oddziaływania na środowisko oraz w wyjaśnieniach inwestora, nie dokonując w tym zakresie żadnych własnych ustaleń. Zawarte w zaskarżonej decyzji środowiskowej stwierdzenia Wójta Gminy wskazują na nieznajomość obowiązującego w Polsce prawa oraz na całkowite niezrozumienie instytucji oceny oddziaływania na środowisko i oceny habitatowej. W szczególności wskazać należy na prezentowane przez Wójta stanowisko w odniesieniu do raportu oddziaływania na środowisko, który wg niego „sporządzany jest na podstawie karty informacyjnej przedsięwzięcia”, a jego zadaniem nie jest ocena wpływu planowanego przedsięwzięcia na środowisko – raport ma raczej „charakter zaleceń, które powinny (jeśli organ wydający decyzję je uwzględni) znaleźć odzwierciedlenie w decyzji administracyjnej”.
